Durante l'Esposizione annuale dei Cacciatori di Reliquie, Shantae e i suoi amici assistono allo zio Mimic mentre svela la sua ultima scoperta: una lampada dall'aspetto ordinario incastonata nella pietra. Mentre si chiedono qual sia il suo scopo, Risky Boots e i suoi pirati irrompono nell'esposizione e rubano la lampada. Shantae la affronta, ma viene svenuta, permettendo a Risky di scappare. Accusando la mezzo-genio per il caos della città e per non aver svolto correttamente il proprio lavoro, il sindaco Scuttlebutt la licenzia dal ruolo di Guardiano di Scuttle Town. Nonostante non sia più una Genio Guardiano, Shantae decide comunque di prendersi la responsabilità di fermare la nuova trama di Risky Boots. Mimic rivela a Shantae che sono necessari tre sigilli magici nascosti per liberare la magia della lampada, e Shantae parte per trovarli. Con l'aiuto della sua amica, la zombie Rottytops, scopre che i sigilli sono in possesso di tre Barons of Sequin Land, che dovrà affrontare per ottenere i sigilli. Mentre insegue i Barons, Risky inganna Rottytops e i suoi fratelli facendoli rapire Mimic per lei, promettendo loro una fornitura di caffè per tutta la vita necessaria a mantenere la loro sanità mentale, e in particolare i cervelli di Shantae per Rottytops. Shantae, ora in possesso dei tre sigilli, li raggiunge proprio quando Risky rivela il proprio inganno. Shantae consegna i sigilli in cambio della vita di Mimic. Risky poi risucchia la metà magica di Shantae nella lampada prima di rivelare a Shantae che essa ha il potere di catturare e soggiogare i geni, poi scatena la metà magica come la malvagia Nega-Shantae, ordinandole di distruggere Shantae. Shantae riesce a sconfiggere la sua controparte e fugge dal nascondiglio di Risky mentre questo crolla. Si riunisce ai suoi amici, che le promettono di aiutarla a difendere Scuttle Town e ad adattarsi alla sua nuova vita da umana. Il sindaco, impressionato dall'impegno, la riassume nel ruolo di Guardiano della città.