La storia di Valkyria Revolution è raccontata in medias res da uno studente di Jutland che lavora a un saggio su "The Five Traitors" e cerca di saperne di più sulla loro storia e sulla guerra tra Jutland e l'Impero Ruzi. Il suo insegnante, Richelle, interrompe spesso il gioco per elaborare su determinati punti all'interno della storia, come narrato a lei dalla sua trisavola, che all'epoca era maestra della principessa jutlandese. Il piccolo paese di Jutland fu economicamente bloccato da Ruzhien, un potente impero che espanse il proprio territorio e raggiunse uno sviluppo industriale rapido dopo aver scoperto il minerale azzurro Ragnite, che funge sia da fonte di energia sia da catalizzatore per lo sviluppo alchemico. Dieci anni prima della guerra, nella terra di Molda, un orfanotrofio fu incendiato dall'Imperatore Ruzi Klaudiusz e dai suoi quattro Grandi Generali mentre visitavano le rovine di Valkyria nelle vicinanze. Gli uomini rapirono anche Maria, la custode dell'orfanotrofio. Solo cinque orfani sopravvissero, avendo trascorso quel periodo lontani dall'orfanotrofio all'epoca: Amleth Grønkjær, Basil Sabancci, Fritte Eriksen, Solomon Kahlenberg e Violette Szand. I cinque pianificarono segretamente di uccidere Klaudiusz e di cercare Maria.