La storia di Valkyria Revolution è narrata in medias res da uno studente di Jutland che lavora a un saggio su "The Five Traitors" e cerca di saperne di più sulla loro storia e sulla guerra tra Jutland e Ruzi Empire. Il suo insegnante, Richelle, interrompe spesso il gioco per approfondire alcuni punti all'interno della storia, come raccontata a lei dalla sua trisavola, che all'epoca era insegnante della principessa Jutish. Il piccolo paese di Jutland è economicamente bloccato da Ruzhien, un potente impero che espanse il proprio territorio e raggiunse un rapido sviluppo industriale dopo aver scoperto il minerale azzurro Ragnite, che funge sia da fonte di energia sia da catalizzatore per lo sviluppo alchemico. Dieci anni prima della guerra, nelle terre di Molda, un orfanotrofio fu incendiato dall'Imperatore Ruzi Klaudiusz e dai suoi quattro Grandi Generali mentre si trovavano a visitare i vicini ruderi di Valkyria. Gli uomini hanno anche rapito Maria, la custode dell'orfanotrofio. Solo cinque orfani sopravvissero, poiché in quel periodo si trovavano lontani dall'orfanotrofio: Amleth Grønkjær, Basil Sabancci, Fritte Eriksen, Solomon Kahlenberg e Violette Szand. I cinque complotarono segretamente per uccidere Klaudiusz e cercare Maria.