In Yakuza 6, Kazuma Kiryu scoprirà esattamente quanto le persone siano disposte a sacrificarsi per la famiglia - sia legata dal sangue sia da un legame - mentre indaga su una serie di eventi torbidi che coinvolgono coloro a cui tiene di più nel suo cuore. Appena uscito da una condanna di tre anni di prigione, un Kiryu più anziano e segnato dal tempo scopre che la sua figlia adottiva, Haruka, è scomparsa dall'orfanotrofio di cui si prende cura. La pista lo conduce nei suoi vecchi quartieri di Kamurocho, dove scopre che è stata investita da un'auto e ora è in coma. Per di più, Kiryu scopre che Haruka ha ora un figlio a cui deve badare. Con il bambino in braccio, Kiryu si dirige verso la città balneare di Onomichi, nella provincia di Hiroshima, per svelare la verità su Haruka, su suo figlio e su un sinistro segreto che la yakuza di Hiroshima nasconde.