Metal Gear Solid si svolge in una storia alternativa in cui la Guerra Fredda è proseguita fino agli anni '90, terminando a un certo punto verso la fine del XX secolo. Rientrando in servizio dopo un periodo di pensione, l'agente speciale Solid Snake viene richiamato in azione per affrontare i membri rinnegati di Foxhound, una squadra anti-terrorismo governativa d'élite che minaccia di lanciare armi nucleari contro la White House a meno che non ricevano il loro riscatto di 1 miliardo di dollari. Con sole 24 ore per sabotare la minaccia di Foxhound, Snake deve infiltrarsi nelle linee nemiche, salvare i due ostaggi e ostacolare i piani dei terroristi. I demoni del suo passato lo metteranno alla prova e la sua volontà di soldato sarà messa alla prova, mentre Snake lotta per salvare il mondo dalla devastazione nucleare.