Quando il mondo era avvolto dall'oscurità, la Goddess of Mana estrasse la Sword of Mana per colpire gli otto Benevodons, mostri della distruzione. Lei sigillò gli orrori all'interno degli otto Mana Stones, riportando il regno dal baratro. Esausta dal dover ricostruire il mondo, la Goddess of Mana si trasformò in un albero e cadde in un lungo sonno per molti anni. Tuttavia, le forze del male presto cercarono di liberare i Benevodons per ottenere il controllo del mondo. Iniziarono una terribile guerra per portare avanti il loro piano e destabilizzare i regni. La pace era finita. La Mana stessa iniziò a scomparire dal mondo e la Mana Tree iniziò ad appassire...