La storia del gioco (narrata da Peter Jason) segue le imprese di Jericho Cross, un fuorilegge diventato vampiro, e il suo impiego in un antico ordine di cacciatori di vampiri noto come Darkwatch. Dopo aver rilasciato inconsapevolmente il più grande nemico di Darkwatch, un signore dei vampiri chiamato Lazarus Malkoth, Jericho viene arruolato in Darkwatch come operativo d'élite. Jericho, tuttavia, sta lentamente diventando un vampiro anche lui, dopo essere stato morso da Lazarus. Il gioco indica o la lotta di Jericho per l'umanità o la sua discesa nell'oscurità, a seconda delle azioni del giocatore. Il gioco ha inizio in Arizona Territory nel 1876 con Jericho che tenta di rapire un treno Darkwatch che sta trasportando Lazarus Malkoth catturato verso la Darkwatch Citadel, un luogo frequentemente menzionato e spesso visitato nel gioco, e nel farlo rilascia Lazarus verso l’Ovest. In un apparente atto di misericordia, Lazarus morde Jericho e gli infligge la maledizione del vampiro, facendolo lentamente trasformare in uno. Il gioco prosegue con l'introduzione di Cassidy nonché l'apparizione di Shadow, il cavallo non-morto di Jericho. Man mano che il gioco progredisce, Jericho arriva finalmente alla Darkwatch Citadel, dove incontra General Clay Cartwright, l'attuale leader dell'ordine. Cartwright lo fa passare attraverso Torture Maze, l'esercizio di iniziazione Darkwatch che fu progettato come test per Darkwatch Regulators, ma Jericho riceve una versione speciale appositamente progettata da Cartwright per ucciderlo. Quando Jericho comunque supera il test, inizia a compiere missioni per la Darkwatch. Le missioni includono compiti che vanno dal riparare parte dei danni causati a acquisire equipaggiamenti Darkwatch, come il Darklight Prism, una pietra che permette ai vampiri nelle sue vicinanze di usare i loro poteri e camminare alla luce del sole.