Il ninja eroe Ryu Hayabusa ha posto fine alle malefatte di Tengu, ma era troppo tardi per impedirgli di scatenare un massiccio collasso globale. Una densa nube avvolse l'intero pianeta in un velo di oscurità e paura. DOATEC si è smarrita, trasformandosi nel terreno di caccia per truffatori assetati di potere. È in questo momento che il dipartimento di sviluppo di DOATEC (una fortezza per la tecnologia militare all'avanguardia) assiste al successo di un genio. Dopo il Project Alpha e il Project Epsilon, lo scienziato sempre ambizioso, Dott. Victor Donovan, completa l'Omega Project, producendo un nuovo superumano: Genra. L'uomo, che una volta fu leader del ninja Hajin Mon del clan Mugen Tenshin, non è più umano, ma una forza di capacità singolari e senza precedenti nota come Omega. Per mettere alla prova le abilità del soggetto Omega, DOATEC ha annunciato il terzo Dead or Alive World Combat Championship.