Le Guerre dello Sciame sono in corso da tempo. La Terra è stata invasa, ma l'umanità si è espansa nelle altre colonie, cercando di contribuire al conflitto. Kyoto, pilota Difensore alle prime armi, si unisce all'Autorità Galattica Stargate per proteggere l'umanità. Ma poco dopo che Kyoto termina l'addestramento, la Base di Cydonia viene attaccata dal prossimo sciame di Manti, che ha avuto la possibilità di fortificarsi dall'ultimo evento. Gli Manti riportano la GSA ai confini più remoti del Sistema Solare e iniziano a cancellare l'umanità per sempre. Kyoto dovrà essere inviato in missioni vitali a bordo della corazzata Memory, riceverà critiche dal Colonnello Adams e dovrà imparare di più sugli Manti dal Dr. Mudo, per sconfiggere il secondo sciame alieno.