Il Yamato Server scompare dopo l'attacco del X-Virus, e il Doom Server ha preso il suo posto. Spetta a te e a tre dei tuoi amici, la Digital Security Guard (D.S.G.), avventurarvi nel Doom Server, scoprire la fonte del virus e occuparvi dell'infezione prima che possa infettare il Home server. Vi avventurerete nel Dry Lands per fermare la diffusione del virus, nella Venom Jungle per impedire che il Dread Note venga lanciato e, infine, nel Machine Pit per distruggere l'ultimo boss. Dopo aver terminato il gioco per la prima volta, sblocchi la Modalità Difficile, in cui i nemici sono più forti, ma mantieni tutti i tuoi livelli, l'equipaggiamento e le digievoluzioni. Fallo di nuovo e sblocchi la difficoltà più alta, Molto Difficile.