Dr. Muto è un gioco d'azione-avventura in terza persona, completamente in 3D e con libertà di movimento, ambientato in un universo stilizzato pieno di enigmi diabolici, dispositivi che sfidano la mente, mostruosità bizzarre e una comicità distorta. Sei Dr. Muto, uno scienziato pazzo maniaco e geniale, il cui ultimo esperimento ha accidentalmente distrutto il proprio pianeta natale, tutto tranne il laboratorio. Il gioco presenta un cast di personaggi insoliti, tra cui il suo aiutante, Janky, e il suo nemico, Professor Burnital. Semplificando, campionando un po' di DNA, il dottore può trasformarsi in ragno, topo, gorilla, o qualsiasi creatura che ritiene opportuno diventare. Ora deve usare i suoi gadget diabolici e la capacità di mutazione per rubare materia organica dai pianeti vicini al fine di ricostruire il suo mondo.