Nel giorno del compleanno di sua sorella, il villaggio di Oakvale, dove viveva un giovane ragazzo, viene saccheggiato dai banditi, uccidendo l'intera famiglia del ragazzo. Un vecchio Eroe, Maze, salva il ragazzo, vedendo in lui un grande potenziale; Maze allena il ragazzo per diventare un Eroe presso la Gilda degli Eroi. Anni passano; dopo aver affinato le sue abilità, Maze informa l'Eroe di una veggente cieca che vive tra un accampamento di banditi vicino a Oakvale, e consiglia all'Eroe di infiltrarsi nell'accampamento dei banditi. Con sua grande sorpresa, la veggente cieca è in realtà sua sorella maggiore Theresa, che era stata presa in custodia da Twinblade, un ex Eroe e attuale Re dei Banditi. Dopo uno scontro con Twinblade, all'Eroe viene data la scelta di uccidere o risparmiare il bandito. Più avanti nella vita dell'Eroe, dopo aver ottenuto maggior riconoscimento tra la gente di Albion, viene invitato a combattere nell'Arena, dove incontra l'Eroe leggendario chiamato Jack of Blades, che gestisce i combattimenti dell'arena. Come sfida finale, Jack mette l'Eroe contro la sua rivale, che era anche una volta la sua amica d'infanzia/compagna di stanza alla Gilda — Whisper; quando l'Eroe la sconfigge può ucciderla o risparmiarla. L'Eroe apprende che Jack of Blades stesso distrusse Oakvale durante l'infanzia dell'Eroe; aiutato da Theresa, l'Eroe scopre che sua madre è viva nel Bargate Prison. L'Eroe viene catturato nel tentativo di salvataggio e trascorre un anno o più in prigione prima di fuggire finalmente. Maze viene rivelato essere un traditore e lavora con Jack. Maze rapisce Theresa. Dopo aver sconfitto Maze, l'Eroe viene condotto a un confronto finale con Jack, in cui sua madre viene uccisa. Jack rivela che The Sword of Aeons può essere brandita solo se riceve il sangue di Archon. The Sword of Aeons è detto essere una spada molto potente di distruzione. Alla morte di loro madre, l'Eroe e Theresa sono gli unici due discendenti rimasti di Archon, e se Jack li distrugge entrambi la spada sarà ancora più potente. Dopo aver sconfitto Jack, l'Eroe deve scegliere se conservare The Sword of Aeons uccidendo sua sorella, o gettarla via per sempre in un portale creato dalla morte di Jack of Blades. A seconda dell'allineamento dell'Eroe e della scelta del giocatore di usare o distruggere la spada, ci sono in tutto quattro finali differenti. Una volta che scorrono i titoli di coda, i giocatori possono riprendere i propri giochi. Nella edizione speciale The Lost Chapters, la storia continua. Dopo la sconfitta di Jack, l'Eroe deve trovare un passaggio verso le Northern Wastes per aiutare un leggendario eroe chiamato Scythe a fermare un grande male sconosciuto che sta tornando. Se l'eroe avrà scartato The Sword of Aeons avrà l'opportunità di ottenere la spada "Avo's Tear", una spada dal design simile e potenza uguale ma che possiede un allineamento luminoso piuttosto che oscuro. Avo è detto essere un dio che rappresenta l'allineamento luminoso. Dopo una serie di missioni che ruotano attorno a questa nuova minaccia, si scopre che Jack of Blades è tornato. Deve quindi sconfiggere Jack of Blades una seconda volta, Jack avendo fatto ritorno dalla morte sotto forma di drago. Alla morte di Jack, l'eroe usa poi la maschera di Jack per catturare l'anima di Jack, con Scythe che gli dice che la battaglia non è finita e che deve distruggere la maschera. L'eroe ha poi la scelta finale di indossare la maschera — essendo consumato da Jack nel processo — o distruggerla, insieme a Jack, per sempre.