Save the Earth si svolge due anni dopo Godzilla: Destroy All Monsters Melee. La storia riguarda l'umanità che entra in possesso del DNA di Godzilla, noto nel gioco come "G-Cells". I Vortaak apprendono di ciò e, ancora una volta, tornano sulla Terra, controllando un vasto esercito di mostri, inclusa la loro arma suprema: SpaceGodzilla. Il giocatore affronta molti mostri controllati in diverse località. Nella scena culminante, Godzilla affronta SpaceGodzilla in un duello finale. Godzilla fa esplodere i cristalli della spalla di SpaceGodzilla, facendone formare un buco nero. SpaceGodzilla viene risucchiato e apparentemente ucciso, costringendo i Vortaak a ritirarsi mentre Godzilla emette un ruggito vittorioso, avendo salvato la Terra ancora una volta.