Il gioco si svolge in una storia alternativa nel 1906, in cui l'Impero Britannico domina tutta la Terra e diverse colonie extrasolari, alimentate dalla tecnologia portata sul pianeta dalla Cometa di Halley nel 1835. Una sostanza sconosciuta nota come Halley's Core fu trovata in tutto il mondo, e alcune persone che entrarono in contatto con essa e acquisirono abilità sovrumane divennero note come "Halley's Chosen". Il primo di questi fu uno scienziato di nome Dr. Hebble Gate, che fu affetto dalla cometa mentre era nel grembo di sua madre. Con la sua mente sovrumana sfruttò il potere di Halley's Core e scoprì una vasta gamma di scoperte scientifiche, tra cui fusione e energia nucleare, ingegneria genetica, computer, viaggi nello spazio e innumerevoli altri. Con queste tecnologie l'Impero Britannico conquistò rapidamente la Terra, e Gate è famoso come l'uomo responsabile. Un enigma completo per tutti, Gate detiene anche un grande potere sugli affari economici, politici e militari ed è il fondatore della Hebble Foundation e dell'organizzazione GunValkyrie (GV), composta da Halley's Chosen in tutto il mondo per prevenire l'uso improprio della tecnologia. Svanisce improvvisamente, gettando il mondo nel sconcerto, ed è stato dichiarato scomparso da quattro anni all'inizio del gioco. In aggiunta alla sua scomparsa, anche gli abitanti del pianeta colonizzato Tir na Nog sono scomparsi, e al loro posto è scoppiata un'epidemia di grandi creature aliene che ricordano insetti giganti. Si ritiene inoltre che prima della sua scomparsa Gate stesse conducendo ricerche su come rafforzare i coloni tramite modificazioni genetiche, e si ipotizza che gli insetti e i coloni siano la stessa entità. In risposta, membri di un'unità militare d'élite all'interno dell'organizzazione GV, nota come "Team Dolphin" (fondata nel 1887), vengono inviati a indagare sulla scomparsa di Gate e sulla situazione su Tir na Nog. A guidare l'indagine è l'unica figlia di Gate, la tenente Meridian Poe, che sopravvive grazie a un sistema di supporto vitale sviluppato dal padre dopo che lui le rimosse chirurgicamente la testa e scomparve con il suo corpo. I due personaggi giocabili sono Kelly O'Lenmey, nata a Ballymun, in Irlanda, un'idealeista convinta che una volta aiutò la Repubblica irlandese nella lotta per l'indipendenza, finché i suoi metodi la spinsero ad andarsene e ad unirsi alla GV, e Saburouta Mishima, nato a Kyushu, in Giappone, un samurai esiliato della Restaurazione Meiji che fu salvato dalla GV dopo essere stato ingiustamente condannato a morte. Il destino del Dr. Gate alla fine del gioco rimase ambiguo, poiché i documenti del Poe's Report presentati durante il gioco rivelano che un corpo fu infine scoperto, ma la sua identità non fu confermata.