Due anni dopo la battaglia contro Onslaught, la pace sul pianeta Terra era stata restaurata finché una misteriosa entità chiamata Abyss avvolse l'atmosfera con la sua energia oscura. Essa fu contenuta all'interno di una sfera che l'essere teneva stretta a sé. Con la sua immensa forza, volò oltre un deserto e la vita vegetale fu anch'essa rovinata. Un pirata noto come Ruby Heart scoprì l'energia e avvertì gli eroi e i cattivi dei due schieramenti che si combattevano tra loro. Insieme, devono fermare questo nuovo nemico prima che la Terra e l'universo vengano distrutti dal terribile potere di Abyss. Alla fine della battaglia, gli eroi e i cattivi stringono una tregua mentre prendono parte a una crociera di piacere a bordo della nave di Ruby Heart, che attraversa i cieli della Terra; lei tiene la sfera tra le mani e la lancia in mare, ponendo così fine all'ultima minaccia di Abyss e chiudendo la rivalità tra Marvel e Capcom.