MechAssault si svolge nell'universo BattleTech, un universo di fantascienza che spesso ruota attorno a epiche battaglie tra macchine bipedi pilotate da esseri umani, pesantemente armate e corazzate, chiamate BattleMechs. La trama del gioco ruota attorno a un pianeta abitato chiamato Helios, nel dominio dell'Inner Sphere, una potente coalizione di fazioni in lotta che controlla vaste porzioni dello spazio. Il giocatore è un pilota di BattleMech (nella versione del gioco è indicato semplicemente come "Captain" o, "MechWarrior") al servizio di un'organizzazione mercenaria d'élite chiamata Wolf's Dragoons. La nave del giocatore è ingaggiata per investigare la cessazione delle comunicazioni provenienti dal pianeta Helios. La nave dei Dragoons, l'Icarus, arriva sul pianeta e viene abbattuta all'ingresso nell'atmosfera, costringendo l'astronave ad atterrare rovinosamente sulla superficie di Helios. In seguito il giocatore scopre che un culto che venera la tecnologia, noto come la Word of Blake, ha invaso e conquistato Helios ed è governato da un fanatico dalla mano di ferro chiamato Commander Strader. Il gioco segue il giocatore che, comandato dall'ufficiale d'élite Major Natalia e assistito dall'ineffabile tecnico Lieutenant Foster, combatte contro le forze militari del culto, aiuta nella liberazione del pianeta dal dominio della Word of Blake e assassina Commander Strader.