Dopo molte ricerche, il maggiore Natalia "Nat" Kerensky decide di basare le proprie operazioni di collaudo a Dante City sul Planet Dante, usando i mercanti del mercato nero come copertura. Una sera, mentre Foster e il MechWarrior (giocatore) stanno tornando al loro laboratorio, velivoli misteriosi entrano nello spazio aereo di Dante e un BattleMech Stiletto atterra al suolo e inizia a cercarli. Riusciscono ad evitare con successo lo Stiletto e tornano al laboratorio, dove Nat istruisce il giocatore a usare una nuova tuta potenziata chiamata la BattleArmor per fermare gli invasori. Dopo questo, centinaia di dropships entrano nell'atmosfera di Dante. Misteriosamente, uno di questi dropships viene abbattuto dagli altri. Dopo aver combattuto per raggiungere il luogo dell'incidente, emerge un nuovo MechWarrior dall'aspetto strano di nome Alera, una pirata dello spazio con un jumpship chiamato la "Jezebel". Più tardi, il MechWarrior sfugge a un porto nemico e ruba un carro armato nemico a tre soldati nel tentativo di infiltrarsi nelle linee nemiche. Poi esce un APC alleato e segue il MechWarrior nel suo percorso. Il carro armato deve superare due scansioni per avanzare nel livello, ma tuttavia la "Passenger Scan" avverte i nemici che si tratta di un inganno, e il MechWarrior e i suoi alleati devono fuggire dal porto con un carro armato. Dopo diverse confrontazioni con il nemico, si scopre che gli aggressori cercano di accedere ai progetti Lostech e ai prototipi conservati nei core dati per creare un esercito inarrestabile di soldati meccanizzati al fine di conquistare il dominio sull'Inner Sphere, partendo dalla produzione di massa del modello Ragnarok Prototype scoperto nel primo gioco. Durante la missione finale, il MechWarrior, con l'aiuto dei suoi alleati, usa la BattleArmor per distruggere un gigantesco BattleMech a metà completato che utilizza tutti e cinque i core dati.