Jet Set Radio Future: In un Tokyo-to futuristico, chiamato nel gioco "Tokyo-to", un gruppo di skater adolescenti chiamato i GG's lotta per il controllo dei numerosi quartieri di Tokyo contro molti gruppi rivali. Il Rokkaku Group, una megacorporazione, ha preso il controllo dei numerosi quartieri della città e il loro leader è il nuovo sindaco di Tokyo. Sta opprimendo la gente, togliendo libertà di parola ed espressione, e sta costringendo gli altri membri delle gang a rinunciare al loro territorio usando la polizia corrotta di Tokyo. Il gioco inizia con il giocatore al controllo di un personaggio chiamato Yoyo, che deve completare una serie di esercizi di addestramento di base dal personaggio Gum per dimostrarsi degno di unirsi ai GGs. Dopo queste sfide, il gioco è interrotto da una trasmissione radio pirata di 'DJ Professor K' che informa il giocatore sulla tumultuosa situazione all'interno di Tokyo. Dopo questa cutscene, il giocatore viene rilasciato in Tokyo stesso, dove ricopre Dogenzaka Hill di graffiti, gareggia contro un nuovo skater chiamato Beat e combatte l'autoritario Rokkaku Group e la loro polizia, la Rokkaku Police. La trama inizia con i GG's che scoprono che una gang ha rubato una statua chiamata "the Goddess of the Street". I GG's coprono graffiti allo Shibuya Terminal, scoprendo che erano graffiti di Poison Jam e che avevano rubato la statua. Un personaggio chiamato Combo si unisce ai GGs. I GGs in seguito coprono il territorio di Poison Jam: Chuo Street e Rokkaku Dai Heights, mentre affrontano la Rokkaku Police e poi interrogano i rivali di Poison Jam, Rapid 99 in 99th Street, per la posizione del loro nascondiglio. Lì, nel Tokyo Underground Sewage Facility, si rendono conto che l'ingresso al loro nascondiglio, The Bottom Point of The Sewage Facility, è bloccato da interruttori attivati da graffiti; spruzzano graffiti su tutto, aprono la porta e combattono Poison Jam e il loro boss, Cube, per il controllo della statua. Dopo che i GG hanno vinto la battaglia contro Poison Jam, nasce una nuova gang, i Noise Tanks robotici, che hanno preso Tokyo d'assalto e sono già al controllo di tre gang. Allo stesso tempo, uno dei GG, Yoyo, scompare nel nulla. I GG decidono di interrogare una delle gang dei Noise Tanks, gli Immortals mummificati, chiedendosi se l'improvvisa apparizione dei Noise Tanks fosse collegata a Yoyo; vanno a spruzzare graffiti sul loro territorio: Distretto dei Grattacieli e Pharaoh Park, Hikage Street, Kibogaoka Hill e sconfiggono gli Immortals in Highway Zero. Così facendo rivelano di aver presumibilmente rapito Yoyo; tuttavia, quando viene liberato, si rivolta contro i GGs e li riduce in schiavitù sotto il controllo dei Noise Tanks.