Nine è ambientato nell'anno '202X', durante la seconda metà di Shin Megami Tensei e nel periodo che precede il suo seguito Shin Megami Tensei II. In seguito all'attacco ICBM su Tokyo, le comunità di sopravvissuti ora vivono in città sotterranee. Di fronte al loro dilemma, gli abitanti sotterranei creano "Idea Space", un mondo virtuale basato su Tokyo degli anni '90. Il protagonista, chiamato Kei Azuma per impostazione predefinita, sta esplorando il mondo virtuale quando i "Noise", demoni digitalizzati ostili agli umani, compaiono e iniziano ad attaccare i giocatori di Idea Space attraverso i loro avatar. Dopo aver respinto un attacco, Azuma viene assunto dall'Ufficio di Amministrazione Centrale come Debugger, un giocatore che attraversa Idea Space e respinge le invasioni di Noise. Durante le sue missioni attraverso Idea Space, Azuma incontra diversi personaggi: Baraki/Sumire, un'amica d'infanzia che rappresenta la "Chaos", Mubiora/Miranda, un rappresentante dell'Ufficio di Amministrazione Centrale che rappresenta la "Law". Mentre svolge i suoi compiti da Debugger, gli eventi della seconda metà di Shin Megami Tensei si svolgono, culminando nella distruzione di intere zone di Tokyo in una Grande Diluvio scatenato dall'Ordine del Messia che venera Dio: Azuma sopravvive poiché il suo corpo è conservato in criostasi, il che significa che anche la sua mente resta legata a Idea Space insieme ai suoi alleati della Law e del Chaos. Durante una missione nel Shibuya 109 virtuale contro il demone Noise, Abaddon, vengono rivelate le vere origini di Idea Space. Idea Space fu creata da esseri umani stanchi di attendere l'arrivo del loro "Messia" nel mondo reale: fiduciosi di poter portare la salvezza tramite la tecnologia, gli esseri umani crearono Idea Space e generarono Maria come dea e amministratrice per facilitare la creazione del Regno Millenario manovrando i suoi utenti. Durante la loro missione nel Shibuya 109, Azuma recupera un Desire Disc, un artefatto contenente i desideri conservati dell'umanità ed è la chiave dei piani di entrambe le fazioni. Azuma si trova di fronte a scelte su quale fazione sostenere. La fazione Law, supportata da Maria, desidera portare la pace all'umanità insieme a liberare gli abitanti di Idea Space. La fazione Chaos, che può essere guidata da Lucifer se viene liberato dalla sua prigionia in un piano metafisico chiamato l'Expanse, intende distruggere gli abitanti di Idea Space e ricominciare da capo con gli Adam ed Eve prescelti: Azuma e il compagno del Chaos. Per assolvere uno qualsiasi dei ruoli prescelti, Azuma deve sconfiggere Yaldabaoth, il controllore di Idea Space che mantiene in funzione il sistema e non permetterà né a Maria né a Lucifer di portare a termine i loro piani. In entrambi i percorsi Law e Chaos, con la sconfitta di Yaldabaoth, l'intero Idea Space è svuotato di avatar ad eccezione di Azuma. Ritornando nel mondo reale, si ritrovano sulla superficie accanto al proprio alleato della Law o del Chaos, con il Tokyo Millennium costruito dal Messia sullo sfondo: a seconda dell'allineamento, Azuma va a rafforzare il regime basato sulla Law, oppure a dare inizio a una nuova umanità basata sul Chaos al di fuori di esso. Nei percorsi Neutral, Azuma svolge compiti per una donna misteriosa che gestisce un negozio in Idea Space: la donna è la dea Sophia, costretta a reincarnarsi come umana per il peccato di aver dato alla luce Yaldabaoth; lei ha aiutato Azuma per sconfiggere Yaldabaoth al fine di espiare il proprio peccato e ascendere. Azuma sconfigge sia Yaldabaoth sia Maria, permettendo a Sophia di tornare a essere se stessa e ascendere, lasciando il destino di coloro all'interno di Idea Space ambiguo.