SNK vs. Capcom: SVC Chaos utilizza principalmente il sistema di comandi della serie The King of Fighters, incorporando calci leggeri e forti, pugni, cancellazioni e attacchi caricati. A differenza del suo predecessore, Capcom vs. SNK 2, questo gioco manca sia di parate aeree sia di un "sistema groove", concentrandosi invece su un gameplay più rapido. I personaggi dispongono di un sistema a barre di base a tre livelli per eseguire super-attacchi speciali, con opzioni di riempimento di base attribuite ai colpi e al danno. Inoltre, gli sprite provenienti dalle varie serie hanno ricevuto nuovi modelli e alcuni effetti speciali sono stati modificati nelle liste di comandi (per esempio, il giocatore non può più aumentare il danno della Zujou Sashi usata da Choi Bounge premendo i pulsanti).