Nella Modalità Campagna, il giocatore segue le campagne della 501st Legion come riportato nel Diario della 501st. Man mano che i giocatori progrediscono nel gioco, interpretano il ruolo di un clone trooper durante il regno della Repubblica e di uno stormtrooper durante il regno dell'Impero. L'azione porta i giocatori su molteplici pianeti attraverso un arco narrativo che si estende dall'alba delle Guerre dei Cloni fino alla formazione dell'Impero e, in seguito, colmando il divario tra gli Episodi III e IV. A differenza del primo Battlefront, la campagna di Battlefront II offre ai giocatori obiettivi precisi con un numero prefissato di rinforzi, i rinforzi nemici illimitati e un limite di tempo occasionale, piuttosto che una normale partita di conquista. Il gioco offre anche la possibilità di saltare le missioni spaziali.