La storia nasce dagli eventi descritti in Superman: Y2K, in cui il malvagio futuristico Brainiac 13 iniettò Metropolis con un virus tecnologico. Superman riuscì a impedirne la diffusione, ma a seguito di ciò la città fu trasformata in una vera «City of Tomorrow». Grandi edifici ad alta tecnologia si innalzano nel cielo, mentre auto volanti e il Rail Whale, il treno ad alta velocità, percorrono la città. All'inizio del gioco, Brainiac 13 ha deciso di tornare a Metropolis e di raccogliere la tecnologia presente nella città. Questo porta a un caos enorme e a pericoli che Superman deve fermare.