Dopo che Lord Mei-Oh fu sconfitto in Tenchu: Stealth Assassins, Rikimaru fu lasciato nella fortezza di Lord Mei-Oh portando una gigantesca roccia sulle spalle per fornire una via di fuga ad Ayame e Princess Kiku. Sembra essere intrappolato e lasciato per morto. Ayame conficcò la spada di Rikimaru, Izayoi (si vede brandire questa spada nell'animazione CG di apertura di Wrath of Heaven) nella neve come monumento al suo compagno ninja, ora considerato morto. Un anno dopo, Rikimaru riferisce a Lord Gohda di essere riuscito a sopravvivere a questa esperienza quasi mortale; a loro insaputa, il vero Rikimaru è intrappolato nel ventesimo secolo cercando un modo per tornare al proprio tempo. La trama del gioco si sviluppa in modo diverso a seconda del personaggio scelto, ma si intreccia in determinati punti. La storia ruota principalmente intorno al ritorno di Rikimaru e alla lotta per i Tre Gioielli, che si dice conferiscano potere a chi li possiede. Questi sono i Gioielli del Cielo, della Terra e della Virtù. Tenrai, un malvagio mago che vuole mettere le mani su di essi, ordina a una banda dei suoi uomini di prendere i Gioielli da chiunque li possieda. Tuttavia, incontrando Rikimaru, sembra interessato al suo potere e cerca di convincerlo ad unirsi alle sue truppe. Rikimaru rifiuta, e lui e Ayame affrontano ciascuno di loro. Uno degli uomini nell'arsenale di Tenrai è Onikage, che lo serve solo per perseguire il suo piano di riportare in vita Mei-Oh (il suo vecchio maestro) e Tatsumaru (l'ex leader dell'Azuma Ninja Clan che Tenrai ha riportato in vita). Rikimaru e Ayame seguono Tenrai nella sua fortezza per impedirgli di distruggere il mondo usando il potere ricavato da due dei Gioielli. Se dovesse essere sconfitto, la pace tornerà nel territorio di Gohda.