Il gioco inizia nel 2401 quando il marine spaziale, il Sergente Cortez, sta lasciando la stazione spaziale che aveva distrutto alla fine di TimeSplitters 2. La sua nave si schianta sulla Terra del futuro e due altri marine lo accolgono. Il Sergente Cortez segue la sua squadra di marine attraverso la valle e combatte figure incappucciate sconosciute e TimeSplitters. A Cortez viene quindi affidato il compito di seguire le tracce nel passato mediante un viaggio nel tempo, ritenuto causato dai TimeSplitters. Poi parte per una missione per tornare indietro nel tempo per trovare un modo per fermare la nascita della razza TimeSplitters.