X-Men Legends II: Rise of Apocalypse è un gioco di ruolo d'azione e un seguito di X-Men Legends. Il giocatore controlla un gruppo di quattro personaggi, sebbene solo uno alla volta possa essere controllato direttamente. Oltre a scambiare i personaggi per scopi di combattimento, il giocatore è spesso obbligato a farlo, perché alcuni compiti nel gioco richiedono le abilità specifiche di un determinato mutante. Ad esempio, Iceman può spegnere il fuoco, Magneto può creare un ponte di metallo su una fenditura, ecc. La maggior parte del tempo, tuttavia, si trascorre nel combattimento, raccogliendo bottino e accumulando punti esperienza. A differenza del primo gioco, gli oggetti lasciati dai nemici sono casuali. Il personaggio salirà di livello, diventerà più forte e imparerà nuove abilità. Il giocatore può scegliere di assegnare manualmente tutti i punti esperienza e punti abilità.